W dokumencie wystawionym w 1175 roku przez Bolesława Wysokiego dla cystersów z Lubiąża wymieniono znajdującą się w osadzie Nabycin (Szczepin) kaplicę służącą miejscowym rybakom. Patronował jej św. Mikołaj z Miry. Pierwotny drewniany kościółek spłonął w czasie najazdu tatarskiego w 1241 roku. W miejscu spalonej kaplicy wkrótce wzniesiono nową świątynię.
Kościół św. Mikołaja – jako budowla położona poza murami miejskimi, niedaleko bramy Mikołajskiej – był szczególnie narażony na zniszczenie w trakcie potyczek zbrojnych prowadzonych na przedpolach Wrocławia. W taki też sposób w 1428 roku, w czasie walk z husytami, został zniszczony drugi budynek kościelny. Odbudowany przed 1486 rokiem kościół został wysadzony w powietrze w 1806 roku w związku ze spodziewanym oblężeniem Wrocławia przez wojska napoleońskie (grudzień 1806 – styczeń 1807 roku). Nowa, czwarta już świątynia parafialna, która powstała w latach 1872–1883 według projektu Oscara Knorra, poważnie ucierpiała w czasie walk o Wrocław w kwietniu 1945 roku i wkrótce podzieliła los swoich poprzedniczek.
Wraz ze wzniesieniem drugiej świątyni pod wezwaniem św. Mikołaja około 1250 roku erygowano parafię, która obejmowała swoją jurysdykcją część Przedmieścia Mikołajskiego (Nikolai Vorstadt), Popowice oraz Muchobór Wielki. W 1529 roku administracja parafialna obejmowała już cały obszar Przedmieścia Mikołajskiego. W 1832 roku parafię św. Mikołaja połączono z parafią Bożego Ciała, które w tej formie funkcjonowały do 1883 roku. W pierwszej ćwierci XX wieku usamodzielniły się dotychczasowe kościoły filialne parafii św. Mikołaja: pw. św. Michała Archanioła w Muchoborze Wielkim (1907) oraz pw. św. Jadwigi, obsługujący osiedle Popowice (1925/1926).
Z parafią św. Mikołaja związane są następujące nekropolie:
- Cmentarz przykościelny św. Mikołaja (St. Nikolai Kirchhof)
- Cmentarz św. Mikołaja [I] / Cmentarz Belvedere (Kirchhof zu St. Nikolai / Belvedere Kirchhof)
- Cmentarz św. Mikołaja i Bożego Ciała (Friedhof St. Nikolai und St. Corpus Christi)
- Cmentarz św. Mikołaja [II] (Friedhof St. Nikolai)
- Cmentarz przykościelny św. Michała Archanioła w Muchoborze Wielkim (Kirchhof St. Michaelis in Gross Mochbern)
Tekst: dr Marek Burak
Opracowanie: Kamilla Jasińska