Założenie parafii św. Bernardyna wiąże się z pobytem w 1453 roku we Wrocławiu kaznodziei Jana Kapistrana. Znakomite kazania zjednały mu tutaj licznych zwolenników, którzy poparli wysuniętą przez niego propozycję założenia we Wrocławiu kościoła i klasztoru bernardynów. Parcelę, na której miały powstać zabudowania klasztorne, podarował Andrzej Skoda, proboszcz parafii św. Maurycego.
Niewielki kościół o konstrukcji szkieletowej był gotowy już w 1455 roku. Ceglaną trójnawową bazylikę, która stanęła na miejscu dawnej świątyni, poświęcono w 1502 roku przy Bernhardinstrasse (ulica Bernardyńska). Utworzona w tym czasie parafia istniała do 1522 roku, kiedy rada miejska odebrała bernardynom ich dobra, sugerując zajęcie w zamian opuszczonego klasztoru św. Jakuba przy Ritterplatz (plac Biskupa Nankiera). Zakonnicy nie przyjęli oferty i opuścili Wrocław. Ostatecznie budowle klasztorne przypadły w 1526 roku protestantom, którzy zorganizowali w nich szpital dla ubogich.
Przy kościele pw. św. Bernardyna ze Sieny utworzono ewangelicką parafię, której pierwszym proboszczem został Petrus Nodus. Objęła ona swoim zasięgiem obszar Nowego Miasta. Pod zarządem parafii znalazł się również nieodległy szpitalny kościół pw. Świętego Ducha (przy dzisiejszej ulicy Świętego Ducha, zburzony w 1597 roku). W związku z tym od 1541 roku parafia miała podwójne patrocinium: św. Bernardyna i Świętego Ducha. Z czasem duszpasterstwo objęło jurysdykcją także Dąbie oraz Rakowiec.
W czasie kampanii napoleońskiej na Śląsku (1806–1807) zakłócono funkcjonowanie parafii, a kościół przekształcono w koszary. W trakcie oblężenia Wrocławia wiosną 1945 roku świątynię i zabudowania klasztorne zostały niemal całkowicie zniszczone. Ich odbudowę zrealizowano w latach 1956–1965.
Z parafią św. Bernardyna związane są następujące nekropolie:
- Cmentarz przykościelny św. Bernardyna (Kirchhof St. Bernhardin)
- Cmentarz św. Bernardyna [I] / Cmentarz Nowoszczytnicki (Friedhof St. Bernhardin [I] / Neuscheitniger Friedhof)
- Cmentarz św. Bernardyna [II] (Friedhof St. Bernhardin [II])
- Stary cmentarz św. Bernardyna (Alter Friedhof St. Bernhardin)
- Nowy cmentarz św. Bernardyna (Neuer Friedhof St. Bernhardin)
Tekst: dr Marek Burak
Opracowanie: Kamilla Jasińska